JHU MOOC RR W4

Reproducible Research at CourseraLa pasada fue la última semana del curso “Reproducible Research“, las video lecturas se dedicaron a revisar algunos casos de estudios y consejos sobre la legibilidad del código y su documentación, especialmente tratándose de programación o procesamiento estadístico. Algunos puntos al respecto son:

  • La producción de un artículo es un flujo de texto y código.Research pipieline
  • El código se divide para presentatse en el texto como porciones que son acompañadas por las descripciones hechas sobre lo que se hace en el programa.
  • Cada porción de código está dedicado a la carga de datos, su procesamiento o presentación de resultados. Así, un artículo es una descripción de lo que el código hace y permite descubrir. No se trata de código que meramente ejemplifica lo que el artículo declara.
  • Programas bien documentados pueden ser usados para producir documentos legibles y  no dejan de ser programas ejecutables.
  •  Códigos y datos pueden ser encapsulados en paquetes que pueden ser preparados para distribuirse. El paquete Cacher de R permite esto y puede ser usado como un autor que ayuda en esta tarea.

Casos de estudio revisados:

  • Contaminación atmosférica (air pollution), donde se muestra la importancia de la reproducibilidad del estudio para corroborar resultados e hipótesis.
  • Un caso de firmas genómicas que llevó a erróneamente a considerar resultados de un estudio como válidos, por errores metodológicos. Se toman los resultados como erróneos dando el beneficio de la duda (aunque podrían haber cargos por conductas inapropiadas). La lección aquí es cuidar la reproducibilidad para facilitar la confirmación de resultados por uno mismo.

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