JHU MOOC P4GDS W4

Python for Genomic Data Science logoCuarta y última semana del curso de Python for Genomic Data Science.

Las primeras tres lecturas se dedicaron a explicar las funciones de I/O, específicamente de lectura de archivos. Realmente muy simple en Python.

Python logoLa segunda lectura inició con la descripción de un archivo FASTA. Después, obviamente, la descripción de como proceder con la lectura de este tipo de archivos con Pyhton.

La tercer lectura se enfocó al post procesamiento de  que se extrae de uno de estos archivos. Esencialmente la extracción de datos de un arreglo asociativo que fue creado en la descripción de estrategia de lectura de archivos en la lectura previa. Interesante que en las presentaciones se incluyera la descripción del método getop() y paquete getop y el hecho de que se recomendara la creación de scripts que recibieran opciones y argumentos. Muy bien descrita esta parte.

La última lectura se dedicó a la descripción del proyecto Biopython. Este proyecto, dedicado a la bioinformática ha generado un conjunto de materiales en Python considerable que, esencialmente, es utilizado mediante el paquete bio. Adicionalmente se describió la manera de invocar a BLAST desde Python.

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